Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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98 Dinicotinic acid

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Notes: Dinicotinic acid forms layer structures with hydrogen
atoms bridging between a nitrogen and an oxygen.

A-B    PM6  X-Ray
N - H 1.208 1.289
H - O 1.347 1.229
N - O 2.546 2.514

Hydrogens also bridge between nitrogens and oxygens:

A-B    PM6  X-Ray
O-H   1.115 1.090
H - O 1.414 1.537
O - O 2.520 2.595

                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     6.59  11.15   9.70  90.00 107.80  90.00    678.7   1.636
                                       PM6:     6.71  11.09   9.68  89.73 111.89  90.13    667.6   1.663

                 X-Ray                               PM6

For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/

Optimized PM6 data set: GNORM=10 MERS=(2,1,1) DINICA10 h= hr=NIST N 0.02204603 +1 0.0331416 +1 -0.2820979 +1 0.0000 C -1.07522422 +1 -3.1931561 +1 -2.8534660 +1 0.0000 C -0.45921444 +1 -4.4400769 +1 -2.6313913 +1 0.0000 C 0.91693432 +1 -4.5527131 +1 -2.8309121 +1 0.0000 C 1.66221293 +1 -3.4206589 +1 -3.2029673 +1 0.0000 C -2.54866255 +1 -3.0711288 +1 -2.6832332 +1 0.0000 C 1.68446467 +1 -5.8301118 +1 -2.6350485 +1 0.0000 H -0.76836503 +1 -1.0917149 +1 -3.4422625 +1 0.0000 H -1.06444394 +1 -5.3040722 +1 -2.3103784 +1 0.0000 H 2.76696816 +1 -3.4567758 +1 -3.3268657 +1 0.0000 H -4.04781213 +1 -1.6852022 +1 -2.5032264 +1 0.0000 H 3.73283550 +1 -6.8586077 +1 -2.2829228 +1 0.0000 N 1.04059926 +1 -2.2192039 +1 -3.4139055 +1 0.0000 O -2.93707126 +1 -1.8067118 +1 -2.4880193 +1 0.0000 O -3.33171605 +1 -4.0043490 +1 -2.7260063 +1 0.0000 O 1.20755739 +1 -6.9664996 +1 -2.8832396 +1 0.0000 O 2.87582362 +1 -5.6715130 +1 -2.2279618 +1 0.0000 C -0.31376558 +1 -2.0879011 +1 -3.2472902 +1 0.0000 C 5.72722016 +1 -7.6189053 +1 -2.7933938 +1 0.0000 C -3.18895403 +1 -8.7387557 +1 -2.7127495 +1 0.0000 C -3.81236272 +1 1.1083948 +1 -3.0350681 +1 0.0000 C -5.17507466 +1 0.9784535 +1 -2.7658860 +1 0.0000 C 3.75455707 +1 -8.9552298 +1 -2.8119932 +1 0.0000 C -1.72199049 +1 -8.6179279 +1 -2.9382748 +1 0.0000 C -5.95210350 +1 -0.2927495 +1 -2.9460709 +1 0.0000 H 6.18680933 +1 -6.6346434 +1 -2.5582753 +1 0.0000 H -3.22562362 +1 0.2611510 +1 -3.4276893 +1 0.0000 H 2.65509923 +1 -9.0059220 +1 -2.6459034 +1 0.0000 H -0.22527675 +1 -7.2412505 +1 -3.1860732 +1 0.0000 H 1.67913021 +1 -1.3049112 +1 -3.6734571 +1 0.0000 N 4.37939163 +1 -7.7611287 +1 -2.5753141 +1 0.0000 O -1.33026513 +1 -7.3573640 +1 -3.1751888 +1 0.0000 O -0.93764533 +1 -9.5497616 +1 -2.9017018 +1 0.0000 O -5.45964159 +1 -1.4413248 +1 -2.8000061 +1 0.0000 O 2.47983096 +1 -0.0858349 +1 -3.7835823 +1 0.0000 C 4.70307880 +1 -5.6374916 +1 0.4353002 +1 0.0000 C 5.46155314 +1 -4.5358277 +1 0.0265519 +1 0.0000 C 4.84584515 +1 -3.2885755 +1 -0.1942946 +1 0.0000 C 3.47047085 +1 -3.1760348 +1 0.0052063 +1 0.0000 C 2.72570453 +1 -4.3063540 +1 0.3836854 +1 0.0000 C 6.93130463 +1 -4.6496127 +1 -0.1780964 +1 0.0000 C 2.70166430 +1 -1.9035690 +1 -0.1998432 +1 0.0000 H 5.16033907 +1 -6.6305794 +1 0.6365790 +1 0.0000 H 5.45110029 +1 -2.4251035 +1 -0.5171659 +1 0.0000 H 1.61925513 +1 -4.2718399 +1 0.4969263 +1 0.0000 H -1.24018574 +1 5.0340415 +1 -0.0125282 +1 0.0000 H 0.67712249 +1 -0.8843809 +1 -0.5247800 +1 0.0000 N 3.34850718 +1 -5.5042707 +1 0.6091559 +1 0.0000 O -2.34755097 +1 5.1517535 +1 0.0065840 +1 0.0000 O 7.71728002 +1 -3.7233675 +1 -0.0787423 +1 0.0000 O 3.17862877 +1 -0.7587887 +1 0.0053883 +1 0.0000 O 1.50089896 +1 -2.0730199 +1 -0.5789902 +1 0.0000 C -1.33199648 +1 -0.1037242 +1 -0.1167514 +1 0.0000 C -2.09942928 +1 0.9973236 +1 0.2766840 +1 0.0000 C -1.48681321 +1 2.2446351 +1 0.5093055 +1 0.0000 C -0.11054115 +1 2.3633208 +1 0.3124270 +1 0.0000 C 0.63856951 +1 1.2346599 +1 -0.0595849 +1 0.0000 C -3.56992569 +1 0.8671947 +1 0.4631298 +1 0.0000 C 0.65833451 +1 3.6385483 +1 0.5154512 +1 0.0000 H -1.78232974 +1 -1.1007507 +1 -0.3069443 +1 0.0000 H -2.09258640 +1 3.1033283 +1 0.8443503 +1 0.0000 H 1.74549153 +1 1.2723586 +1 -0.1671777 +1 0.0000 H 4.61688481 +1 -0.4726123 +1 0.2413548 +1 0.0000 H 2.70373094 +1 4.6787612 +1 0.8114999 +1 0.0000 O -3.94637824 +1 -0.3921113 +1 0.7183000 +1 0.0000 O -4.36373480 +1 1.7902974 +1 0.3985188 +1 0.0000 O 0.18051155 +1 4.7791909 +1 0.2870714 +1 0.0000 O 1.85677874 +1 3.4783947 +1 0.8993708 +1 0.0000 N -2.01002991 +1 0.0515414 +1 6.0462430 +1 0.0000 C -3.10682129 +1 -3.1728841 +1 3.4730519 +1 0.0000 C -2.48799644 +1 -4.4177421 +1 3.6984456 +1 0.0000 C -1.11177384 +1 -4.5285787 +1 3.4977284 +1 0.0000 C -0.36946425 +1 -3.3964522 +1 3.1204065 +1 0.0000 C -4.58021470 +1 -3.0545196 +1 3.6445767 +1 0.0000 C -0.34351604 +1 -5.8042754 +1 3.6980959 +1 0.0000 H -2.80598606 +1 -1.0745594 +1 2.8730264 +1 0.0000 H -3.09077070 +1 -5.2820769 +1 4.0230095 +1 0.0000 H 0.73558790 +1 -3.4297553 +1 2.9990259 +1 0.0000 H -6.08381071 +1 -1.6736574 +1 3.8233504 +1 0.0000 H 1.70077414 +1 -6.8367179 +1 4.0383999 +1 0.0000 N -0.99372926 +1 -2.1972715 +1 2.9035655 +1 0.0000 O -4.97328673 +1 -1.7912531 +1 3.8383313 +1 0.0000 O -5.36112514 +1 -3.9898273 +1 3.6047917 +1 0.0000 O -0.82657160 +1 -6.9447979 +1 3.4812194 +1 0.0000 O 0.85613200 +1 -5.6419269 +1 4.0795054 +1 0.0000 C -2.34834542 +1 -2.0681338 +1 3.0715361 +1 0.0000 C 3.69763605 +1 -7.6038054 +1 3.5512916 +1 0.0000 C -5.21743763 +1 -8.7254274 +1 3.6388667 +1 0.0000 C -5.84056527 +1 1.1213752 +1 3.3167204 +1 0.0000 C -7.20611769 +1 0.9952266 +1 3.5699750 +1 0.0000 C 1.72135959 +1 -8.9344647 +1 3.5121444 +1 0.0000 C -3.75026903 +1 -8.6038709 +1 3.4160307 +1 0.0000 C -7.98455969 +1 -0.2738369 +1 3.3810328 +1 0.0000 H 4.15833896 +1 -6.6208260 +1 3.7907446 +1 0.0000 H -5.24962819 +1 0.2715839 +1 2.9355209 +1 0.0000 H 0.61957522 +1 -8.9805377 +1 3.6638643 +1 0.0000 H -2.25421616 +1 -7.2220534 +1 3.1744155 +1 0.0000 H -0.35587754 +1 -1.2837418 +1 2.6425898 +1 0.0000 N 2.34758957 +1 -7.7426319 +1 3.7562613 +1 0.0000 O -3.36044053 +1 -7.3435284 +1 3.1802835 +1 0.0000 O -2.96632547 +1 -9.5366128 +1 3.4464447 +1 0.0000 O -7.49542695 +1 -1.4241919 +1 3.5270641 +1 0.0000 O 0.44900276 +1 -0.0641337 +1 2.5379359 +1 0.0000 C 2.66779799 +1 -5.6176589 +1 6.7528027 +1 0.0000 C 3.42962862 +1 -4.5155019 +1 6.3522917 +1 0.0000 C 2.81707544 +1 -3.2660048 +1 6.1353437 +1 0.0000 C 1.44176700 +1 -3.1513186 +1 6.3338459 +1 0.0000 C 0.69372319 +1 -4.2814046 +1 6.7067029 +1 0.0000 C 4.89941893 +1 -4.6333258 +1 6.1489928 +1 0.0000 C 0.67399414 +1 -1.8769056 +1 6.1337094 +1 0.0000 H 3.12152326 +1 -6.6138432 +1 6.9498243 +1 0.0000 H 3.42495187 +1 -2.4029477 +1 5.8161585 +1 0.0000 H -0.41243243 +1 -4.2438883 +1 6.8223912 +1 0.0000 H -3.27637057 +1 5.0458824 +1 6.3103657 +1 0.0000 H -1.35420077 +1 -0.8635971 +1 5.7946773 +1 0.0000 N 1.31363348 +1 -5.4818540 +1 6.9259111 +1 0.0000 O -4.38419801 +1 5.1669806 +1 6.3323230 +1 0.0000 O 5.68776451 +1 -3.7096311 +1 6.2517057 +1 0.0000 O 1.14450331 +1 -0.7362668 +1 6.3717396 +1 0.0000 O -0.51821158 +1 -2.0430017 +1 5.7275296 +1 0.0000 C -3.36194230 +1 -0.0888477 +1 6.2267720 +1 0.0000 C -4.12879631 +1 1.0107375 +1 6.6267544 +1 0.0000 C -3.51641256 +1 2.2583881 +1 6.8568848 +1 0.0000 C -2.14275608 +1 2.3810066 +1 6.6418441 +1 0.0000 C -1.39508505 +1 1.2557925 +1 6.2584107 +1 0.0000 C -5.59895799 +1 0.8811722 +1 6.8175309 +1 0.0000 C -1.37537926 +1 3.6585011 +1 6.8359795 +1 0.0000 H -3.81074964 +1 -1.0875861 +1 6.0432248 +1 0.0000 H -4.11847032 +1 3.1148780 +1 7.2030355 +1 0.0000 H -0.29003205 +1 1.2977317 +1 6.1352651 +1 0.0000 H 2.58840647 +1 -0.4531639 +1 6.6034603 +1 0.0000 H 0.66830476 +1 4.7008099 +1 7.1266903 +1 0.0000 O -5.97672727 +1 -0.3783218 +1 7.0747790 +1 0.0000 O -6.39320178 +1 1.8030750 +1 6.7464584 +1 0.0000 O -1.85588865 +1 4.7974120 +1 6.6059897 +1 0.0000 O -0.17576505 +1 3.5010293 +1 7.2169768 +1 0.0000 Tv -4.25576401 +1 0.0482029 +1 12.7173053 +1 Tv 0.00091825 +1 11.0852289 +1 -0.0685074 +1 Tv 9.66149722 +1 0.0413111 +1 -0.5713056 +1